何壽川現(xiàn)在嘗試的新造紙技術(shù)路線，不僅選擇了非木原料秸稈，而且改變了整個造紙工藝。制漿就是獲取纖維素分離木質(zhì)素的過程，傳統(tǒng)的方法是加堿，用強破壞力的化學(xué)手段分離木質(zhì)素。優(yōu)點是速度快，缺點是要加上堿回收精餾塔這樣高成本的設(shè)備。

　　永豐余嘗試的生物制漿則是用微生物分解原料秸稈，優(yōu)點是沒有化學(xué)添加劑不需要增加高昂的環(huán)保設(shè)備成本，缺點則是分解過于緩慢。如何解決微生物分解速度，是所有在嘗試生物制漿的企業(yè)都要克服的難題。一旦攻克，則在適當?shù)氖袌霏h(huán)境下，很有可能再次重塑造紙行業(yè)的格局。

　　現(xiàn)任永豐余位于揚州的生物制漿廠廠長的黃睿志在2003年加入在高雄的永豐余研發(fā)中心。最初研發(fā)團隊找到的是生長在森林中的分解木材的一種名為白腐菌的微生物，然而把白腐菌引入實驗室后發(fā)現(xiàn)其分解秸稈的速度極其緩慢，秸稈完全分解出纖維素需要長達八至九個月的時間，毫無生產(chǎn)價值。

　　黃睿志介紹，隨后研發(fā)團隊在牛糞和馬糞中發(fā)現(xiàn)一種微生物，也可以分解秸稈，分解時間縮短到四天。然而這個分解時間對于工業(yè)生產(chǎn)而言，依然太長。微生物分解秸稈主要是靠微生物分泌的酵素，研發(fā)團隊從牛糞、馬糞中挑選出可分解秸稈的微生物來培養(yǎng)純化活性酵素。“一開始我們也覺得很奇怪，如果牛、馬需要四天才能分解，那豈不是餓死了？”黃睿志思考，是不是在更上游的地方有微生物沒被發(fā)現(xiàn)。

　　于是研發(fā)團隊又在牛的胃中尋找可以分解秸稈的微生物，果然找到了一些分泌有效酵素的厭氧細菌。找出來之后，黃睿志發(fā)現(xiàn)厭氧細菌生產(chǎn)酵素的生產(chǎn)力不是很高。研發(fā)團隊的解決方案是，把厭氧細菌中控制酵素生產(chǎn)的那一段基因克隆出來，再找到一個高產(chǎn)的寄主，酵母菌由于快速生產(chǎn)的特性被選為寄主，能夠快速生產(chǎn)出酵素。

　　這一階段已經(jīng)屬于分子技術(shù)的范疇，于是永豐余于2006年在臺北設(shè)立了一個進行分子技術(shù)研發(fā)的分部，從臺灣的大學(xué)中招聘了8個分子領(lǐng)域畢業(yè)的碩博士及大學(xué)生加入到酵素研發(fā)的專業(yè)團隊中，黃睿志也從高雄搬到臺北。最后，研發(fā)團隊挑選培育出能快速大量生產(chǎn)且高活性的酵素，使得在同樣時間同樣能源消耗下，酵母生產(chǎn)的濃度大幅提升，進而使得秸稈分解的時間大幅縮短。最終，永豐余實現(xiàn)秸稈分解時間只需一個小時。

　　“我們使用的酵素，是我們自己篩選出來的，分子技術(shù)有，大家都可以嘗試，但能不能成功，還是要看一點運氣。”黃睿志說。

　　何壽川告訴記者，生物制漿技術(shù)中最核心的難點就在酵素，現(xiàn)在永豐余篩選出來的特殊品類的酵素，“大概是全世界活性最高的，有很高的門檻”。

　　解決酵素活性問題后，還要解決研發(fā)過程中生物和造紙融合的問題。最初實驗室生產(chǎn)出來的紙漿質(zhì)量很差，何壽川找到黃睿志，讓他看看出現(xiàn)了什么問題。后來黃睿志才發(fā)現(xiàn)，做生物研發(fā)的人不懂造紙，注重的是將秸稈分解，重點放在分解破壞上。但從造紙角度，纖維的地方是不能被破壞的，要保護纖維。而且生物這端分解后，由于生物研發(fā)團隊不懂造紙，甚至拿雜質(zhì)給下游團隊去造紙，而好的纖維卻拿去堆肥這樣的烏龍狀況。后來永豐余加大了生物研發(fā)團隊對造紙知識的了解，這些問題才得以解決。

　　何壽川對生物制漿研發(fā)非常重視，每周都會跟研發(fā)團隊召開一次會議來了解進展。2008年，每噸紙漿生產(chǎn)過程中需要添加的酵素成本從最初的一千多元降低至不到三百元。何壽川覺得到了工業(yè)化量產(chǎn)的階段，讓黃睿志著手進行工廠產(chǎn)線的設(shè)計。