到了2009年8月，商城事業部再度從消費者事業部分離，這一次，時任淘寶CFO的張勇兼任商城總經理，商城開始了第二次獨立運營。但自始至終，商城與集市的“矛盾”并沒有從根本上解決。打個比方，淘寶在舉辦針對消費者的促銷活動時，會對商家設置一定的門檻，“C2C和B2C對商家的限定標準會有一定差異，但在淘寶網一個平臺下，需要有相對統一的規則。這就需要我們在中間平衡和妥協”，淘寶網總裁姜鵬說道。
　　
　　而當這些問題越來越明顯，馬云和曾鳴便不得不引起重視。畢竟，淘寶集市的規模雖大，但“以免費換規模”的后遺癥在此刻顯露無遺：公司一直無法在C2C上找到十分有效的盈利模式，使得淘寶在盈利問題上一拖再拖。眾所周知，賣廣告并非平臺的核心價值所在，在C2C上盈利薄弱的淘寶，再一次將目光轉向了B2C——畢竟，收取交易傭金是被證明過的行之有效的模式。淘寶較為理想的設想是，C2C培育起來的旺盛人群和流量將逐漸匯集到商城，且將之前的資源累積進行價值轉移。
　　
　　然而此刻，商城面對的早已不是一片蠻荒之地。阿里管理層前兩年對商城態度的曖昧不明，直接導致商城的品牌知名度遠不如集市。艾瑞咨詢分析師蘇會燕則認為，淘寶商城此前并沒有真正地獨立過。
　　
　　對此，曾鳴表示，如果消費者不經提醒，“他們報出的國內前三大B2C網站里往往都不會提淘寶商城”。但他隨即補充，“到今年底的時候，希望達到大家提到B2C時，不說淘寶商城都不行”。畢竟從數據來看，淘寶商城的表現讓人不容忽視。根據艾瑞咨詢的數據，2011年Q2，在中國B2C購物網站領域，淘寶商城Tmall.com占據整體市場份額的48.5%，其規模相當于排名2-10位企業份額總和的近2倍。京東商城以18.1%占據第二位，卓越亞馬遜、當當網、凡客誠品分別以2.4%、2.2%、2.0%占據3-5位。
　　
　　沖突與共存
　　
　　2010年11月，淘寶宣布商城域名獨立，商城的品牌變得更為鮮明，環境也更加純凈。而一個多月前的分拆，則徹底將商城與集市的組織架構隔離開來。
　　
　　如今，張勇感受到的最大變化是，“整個團隊可以更快速地響應市場變化，做一些純粹的決定”。而此前，淘寶太大了，“里面有各式各樣的商業模式與利益主體，做一個簡單的決定都很困難”。與此同時，商城的團隊更加獨立，技術和服務人員完全按照獨立的公司標準來配置，不再依賴原先“縱橫交錯”的C2C底層。
　　
　　馬云的“拆招”
　　
　　“現在，集團能完全根據B2C的業務發展來配置戰略資源，包括技術、人才、資金。說白了，我們目前的狀態是可以撒開腿跑了”。張勇稱。
　　
　　盡管這種狀態看上去很美，但仇文彬指出，分拆之后各子公司的規模一下子就變小了，“原先的淘寶有幾千億的交易量，而單獨的商城只有幾百億。隨之而來的問題是，各家子公司間如何協同，大家的立足點和想法相較之前都會有所變化。”
　　
　　這與蘇會燕的觀點相似。在她眼里，盡管淘寶被拆成三家公司，但仍隸屬于一個集團，“馬云一定希望各塊業務能有所聯動”。但在新的組織架構下，各家公司合作與溝通的效率很可能被拖慢。
　　
　　對裂變中的淘寶而言，引入新的管理模式是繞不過的坎。在新的組織架構下，阿里同樣需要引入新的管理模式。“很多事情我們不會下命令了，你應該找到一種方法，對雙方的利益都是最大化，來激勵大家。”曾鳴說道，“比如，各個部門都會簽訂服務標準協議，如果你做不到，那么其他人也可以選擇外部服務商。”